Em eucariotos, todo o processo de glicólise é realizado no interior da mitocôndria, na matriz mitocondrial, e ao final das duas etapas o saldo energético obtido é de duas moléculas de ATP e duas moléculas de NADH.

O piruvato é o produto final da segunda fase da glicólise. Para cada molécula de glicose, dois ATP são consumidos na fase preparatória e quatro ATP são produzidos na fase de pagamento, dando um rendimento líquido de dois ATP por molécula de glicose convertida em piruvato.

Nos organismos que fazem respiração celular, após a glicólise, ocorrem novas etapas até a degradação total da glicose e há um maior aproveitamento energético, com a produção de 32 moléculas de ATP.

Nos organismos que realizam processos anaeróbicos, como a fermentação, a glicólise é o único processo de degradação da glicose, tendo um aproveitamento energético menor, de apenas dois ATP.

Na fase preparatória, observa-se a utilização da energia da hidrólise de ATP. Na fase de pagamento, observa-se a formação de quatro moléculas de ATP e o consequente pagamento das moléculas gastas inicialmente.