A Marinha Imperial organizou duas expedições navais incluindo navios a vapor responsáveis pelo transporte de tropas e o policiamento dos rios e lagoas navegáveis. Em 02 de junho de 1836, ocorreu o combate entre a barca Liberal a vapor contra posições fortificadas. Esse episódio ficou reconhecido como o primeiro combate entre um navio a vapor.

A Marinha Imperial atuou mediante combates navais e ação política mediante instrução ao Chefe da Divisão John Pascoe Grenfell para negociar a rendição de Bento Gonçalves e o fim da República de Piratini. No entanto, o chefe acabou sendo hostilizado pela imprensa e as autoridades legais da província.

Durante a rebelião, a ação conjunta entre Exército e Marinha foi determinante para a vitória das forças legalistas. O comando de Joaquim Marques Lisboa e Luís Alves de Lima e Silva foi determinante para elaboração de um cerco terrestre e marítimo que conseguiu o isolamento das tropas de Bento Gonçalves como também sufocou a economia rio-grandense.

Na reconstrução de uma nova esquadrilha, as forças legais estabeleceram um pequeno estaleiro no Rio Camaquã, com a construção de dois lanchões. Para tripulá-los e fabricar mais dois barcos foi nomeado John Pascoe Grenfell. Em manobras rápidas, com navios de pequeno calado e usando do fator surpresa, causaram reveses à navegação mercante e aos navios dos revoltosos em patrulhamento pela região da Lagoa dos Patos e rios tributários.

A força naval organizada por Frederico Mariath, os navios foram dispersos em defesa de pontos sensíveis às ações militares, caso do Arsenal de Guerra de Camaquã, com o desembarque de tropas para protegê-los . Na imposição de um bloqueio naval, os navios circulantes na área do porto passaram a ser fiscalizados pelas embarcações de guerra, na repressão ao contrabando. As patrulhas navais se intensificaram, com o apresamento de mantimentos, víveres e armamento dos revoltosos.