as técnicas de coloração baseiam-se na afinidade de grupos hidrofóbicos dos corantes com os componentes químicos da célula bacteriana.

na coloração de Gram, após a fixação das células, estas são coradas com fucsina, descoloradas com álcool etílico e coradas novamente com violeta de genciana. As células Gram positivas apresentam coloração azul escura e as Gram negativas, uma coloração vermelha.

para o diagnóstico do Mycobacterium tuberculosis deve-se pesquisar a presença de bacilos álcool-resistentes por meio da coloração de carbol fucsina de Kinyoun.

a conjugação da rodamina ao anticorpo permite visualizar partículas verdes quando ocorre a ligação do anticorpo conjugado com a molécula a ser identificada.

o método de Gram permite a identificação da espécie por meio da morfologia da célula.