O imprinting genômico resulta na atividade monoalélica do gene "imprintado" diferente da inativação do cromossomo X que resulta na atividade bialélica de todos os genes do cromossomo X.

O imprinting genômico ocorre por metilação do DNA, em ilhas CpG, diferente da inativação do cromossomo X que sofre apenas metilação nas caudas das proteínas histonas de todo o cromossomo.

O imprinting genômico é um mecanismo de inativação de um dos alelos determinado desde a fecundação, diferente da inativação do cromossomo X onde a escolha do cromossomo a ser inativado ocorre de forma aleatória após a fecundação.

O imprinting genômico é um mecanismo que também ocorre na inativação do cromossomo X, sendo que na inativação do cromossomo X ainda se tem a ação de RNAs não codificantes.