Genes procarióticos apresentam somente regiões codificadoras, devido à necessidade de maior aproveitamento do tamanho do genoma.

Um aspecto importante de genes eucarióticos é a presença de íntrons, sequências que interrompem a região do gene que é transcrita.

Os genes procarióticos e eucarióticos apresentam estruturas básicas muito distintas entre si, por conta da maior complexidade dos organismos eucarióticos.

Nos genes procarióticos, os elementos reguladores proximais estão geralmente situados a milhares de pares de bases da região codificadora.

As regiões reguladoras dos genes eucarióticos são menos extensas e apresentam menos elementos reguladores que as dos genes procarióticos.