É realizada, primeiramente, a fixação do tecido, que pode ser por meio de agentes físicos (frio ou calor) ou químicos (tais como a solução de formaldeídos).

Uma das colorações usadas na rotina é a Shorr, também denominada de Hematoxilina-Eosina (H.E).

A coloração de Papanicolau utiliza três corantes — Hematoxilina de Harris, o verde brilhante e o marrom de Bismark. É usado para colorir tecido conjuntivo.

A coloração de ácido periódico e Schiff (PAS - do inglês Periodic Acid-Schiff) não inclui lavagem em água corrente ou destilada.

A técnica de AgNor é bastante usada para colorir citoplasma maduro em azul e citoplasma de célula jovem e imatura de verde, facilitando definir o grau de diferenciação celular.