O agente etiológico das DTA pode ser bactérias, vírus, parasitas, toxinas, prions, agrotóxicos, produtos químicos e metais pesados. Entretanto, dados epidemiológicos sinalizam a predominância de surtos envolvendo vírus, o que pode ser explicado pela sua impressionante capacidade de mutação, disseminação e crescimento em alimentos.

Os cuidados higiênico-sanitários no processo produtivo e a educação continuada dos manipuladores de alimentos envolvidos na preparação e distribuição de refeições são cruciais para a prevenção da maioria das DTA em Unidades de Alimentação e Nutrição (UAN).

A diversidade e complexidade metabólica dos agentes etiológicos e as suas associações a fatores de contaminação, multiplicação e sobrevivência no alimentam resultam em um número significativo de possibilidades para a ocorrência das DTA.

Dentre as possíveis causas dessas enfermidades, encontra-se a manipulação de alimentos de forma inadequada, a conservação inadequada dos alimentos e o uso de matéria-prima imprópria.