A presença de anticorpos antimitocondriais não tem valor diagnóstico, mas quando presente pode indicar doença sistêmica ou associação com outras doenças autoimunes.

A presença de anticorpos anticentrômero é sinal de mau prognóstico, estando presente em portadores de esclerodactilia e nas formas difusas da esclerodermia associada à síndrome de Sjögren.

Os anticorpos antinucleolare U3-RNP e a fibrilarina estão