Microrganismos indicadores vêm sendo utilizados na avaliação da qualidade microbiológica da água há longo tempo, e mais recentemente na de alimentos, devido às dificuldades encontradas na detecção de microrganismos patogênicos.
No entanto, alguns critérios devem ser considerados na definição de um microrganismo ou grupo de microrganismos como indicadores:

1. Deve ser de rápida e fácil detecção.
2. Deve ser facilmente distinguível de outros microrganismos da microbiologia de alimentos.
3. Deve estar sempre presente, quando o patógeno associado estiver.
4. Deve estar ausente, nos alimentos que estão livres de patógenos, ou estar presentes, em quantidades mínimas.