Tem como princípios a transversalidade, a defesa dos direitos dos trabalhadores e a indissociabilidade entre atenção e gestão.

Um dos princípios da PNH é a transversalidade, que significa que as decisões da gestão interferem diretamente na atenção à saúde. Por isso, trabalhadores e usuários devem buscar conhecer como funciona a gestão dos serviços e da rede de saúde, assim como participar ativamente do processo de tomada de decisão nas organizações de saúde e nas ações de saúde coletiva.

A clínica ampliada e compartilhada é uma ferramenta teórica e prática cuja finalidade é contribuir para uma abordagem clínica do adoecimento e do sofrimento. Entretanto, por considerar somente a doença, não é uma diretriz da PNH.

Tem como diretriz a realização de rodas, colegiados gestores e mesas de negociação que coloquem as diferenças em contato, de modo a produzir movimentos que favoreçam mudanças nas práticas de gestão e de atenção. Tal ação pode ser denominada Gestão Participativa e Cogestão.

Tem como princípio o Acolhimento, conhecido como uma sala, que realiza classificação de risco da demanda agendada da unidade de saúde.