A possibilidade de determinar as diferentes classes de anticorpos permite diferenciar se a doença está na fase aguda ou crônica.

A imunoprecipitação com anticorpos ligados à agarose é realizada com a sedimentação do complexo por centrifugação. Uma forma de realizar a ligação do anticorpo à agarose é geralmente feita pela proteína A bacteriana. Após a ligação do anticorpo à proteína A, adiciona esse complexo ao lisado celular. Os antígenos que se ligarem a outras proteínas também serão sedimentados, o que é conhecido como coimunoprecipitação. Esse é um excelente método para estudar interações proteína-proteína.

A ilustração é a representação de um ELISA de captura ou ELISA sanduíche de 3 a geração. Nessa metodologia, o anticorpo é capturado pelo antígeno adsorvido na fase sólida e a revelação da presença do antígeno é pela adição de um segundo antígeno, esse ligado covalentemente a uma enzima, que na presença do substrato específico irá gerar cor, que poderá ser quantificada por absorbância.

O método de ELISA de quarta geração é o melhor para o diagnóstico precoce do HIV, uma vez que na sua formulação é possível determinar a presença tanto de antígenos como de anticorpos, independente da classe, por esse motivo, mesmo os pacientes que estão na fase inicial da doença, sem a ocorrência da soroconversão, ou seja, na janela imunológica, testarão positivo, pois serão determinados os antígenos na amostra.

As etapas de lavagem retiram os anticorpos não ligados, ou seja, os inespecíficos, assim como retiram os anticorpos conjugados que não se ligaram. Essas etapas são cruciais para que não haja resultados falso positivos, pois principalmente a presença dos anticorpos com a enzima iria reagir com o substrato adicionado, independente da amostra.