A empresa agiu de forma incorreta, pois não poderia descontar nada de Rafael, dado o princípio da intangibilidade salarial.

A empresa agiu de forma incorreta, pois nunca poderia descontar os danos causados.

A empresa não agiu corretamente, pois Pedro agiu com culpa e não havia previsão contratual para tanto.

A empresa agiu de forma incorreta, pois não houve dolo por parte do empregado e é dela o risco do negócio. Logo, o desconto é descabido.