O tubo gastrointestinal também é controlado, de forma muito intensa, pelo sistema parassimpático e pelo sistema simpático, componentes do sistema nervoso autônomo.

O plexo mioentérico está localizado na submucosa, que é uma camada de tecido conjuntivo frouxo, situado logo abaixo da mucosa.

O plexo submucoso está localizado entre as capas musculares circular e longitudinal e controla os movimentos do tubo intestinal.

As fibras nervosas simpáticas passam do cérebro, por meio do nervo vago, inervando, em sua maior parte, o plexo mioentérico.

As fibras nervosas parassimpáticas exercem o efeito exatamente oposto das fibras simpáticas, diminuindo o nível de atividade visceral.