Alguns dos critérios atuais para o enquadramento de um determinado microrganismo como patógeno periodontal primário incluem a sua associação com a maioria dos casos de doença periodontal ativa, a presença de resposta inflamatória do hospedeiro na sua presença, e a produção de metabólitos destrutivos para os tecidos periodontais por certas espécies. Sendo assim, podem ser considerados como os principais patógenos periodontais os seguintes microrganismos: