Organismos microscópicos são organismos que não são observados a olho nu, precisamos de uma ferramenta para observar estes organismos pequenos. Para termos noção do tamanho destes seres, vamos imaginar uma escala, e que a menor parte da escala é um angstrom que é igual a 10^{-10} metros, isso é muito pequeno, nossos olhos não conseguem identificar estruturas menores que um milímetro. Para isso, precisamos de técnicas que auxiliam na visualização destes microrganismos.

Deste modo, as características que permitem classificar um microrganismo são:

1. Características culturais.
2. Características genéticas.
3. Características morfológicas.
4. Classificação taxonômica.