Os compostos bioativos, assim como os nutrientes, também participam da interação apenas gene-nutriente, conforme os estudos em nutrigenômica.

Os compostos bioativos não são indispensáveis para as células do organismo humano, mas agem de forma a otimizar as atividades e a promover o correto funcionamento e a correção das disfunções no organismo influenciando nas atividades metabólicas e fisiológicas.

As substâncias bioativas podem ser nutrientes ou não nutrientes, pois alguns nutrientes têm princípios bioativos, que dependem da quantidade consumida para algum efeito específico.

A origem dos alimentos funcionais se explica pelo interesse no estudo de substâncias bioativas encontradas em frutas e hortaliças.

Os nutrientes e compostos bioativos são capazes de influenciar no funcionamento do genoma, assim como variações no genoma podem influenciar na resposta individual de cada alimento.