A observação a fresco, em microscópio óptico, entre lâmina e lamínula é a mais utilizada, pois permite verificar se as bactérias estão vivas ou não.

Sob o estereoscópio, pode-se distinguir se um fungo é um bolor ou uma levedura.

As técnicas de coloração diferencial são as únicas que permitem distinguir entre bactérias e leveduras.

A coloração de Gram diferencia as bactérias, de acordo com o tipo de parede que possuem.

A microscopia em campo escuro é pouco usada, pois tem menor poder de resolução que a microscopia em campo claro.