A eutrofização das águas naturais é um dos principais problemas na manutenção da qualidade da água. Uma moderada abundância de nutrientes pode ser benéfica, pois possibilita um aumento da produtividade primária. Em excesso, esse aumento poderá causar mudança na estrutura das comunidades e na composição de espécies, causando até perdas irreparáveis para o ecossistema como, por exemplo, perda de diversidade.

Demanda química de oxigênio da água é a quantidade de oxigênio requerida para oxidar a matéria orgânica pela decomposição microbiológica aeróbica, para uma forma inorgânica estável.

O zoneamento ecológico-econômico, como estratégia de desenvolvimento da aqüicultura, possibilita uma ocupação sustentável, minimizando os possíveis impactos ambientais, possibilitando a manutenção dos ecossistemas e o estabelecimento de outras formas de ocupação.

O teor em sais e gases dissolvidos caracteriza quimicamente as águas. Normalmente, as águas provenientes de chuvas são similares a água destilada. Após o contato com o solo, os sais minerais dissolvem, com maior ou menor rapidez, na água em consonância com a sua solubilidade. Os sais dissolvidos compõem sua riqueza mineral e seu valor piscícola aumenta proporcionalmente em relação a sua diversidade e quantidade. Portanto, o valor piscícola de uma água depende essencialmente da natureza do terreno com que a água está em contato.

Para a aqüicultura é importantíssimo conhecer as características físicas, químicas e biológicas da água, pois os peixes dependem da água para realizar toda sua fisiologia.