A principal diferença entre os fundos é o fato de que o Fundeb também considera as escolas privadas para receber o repasse dos recursos de financiamento.

Não existem diferenças consistentes entre os dois fundos, uma vez que a fórmula de cálculo dos valores repassados para as escolas não se alteram.

As diferenças entre os fundos são de natureza operacional, uma vez que atuam em conjunto – um nas questões salariais dos professores e, o outro, na manutenção das escolas.

A principal diferença entre os dois fundos é a forma como fazem a utilização dos recursos que financiam a educação escolar.

As diferenças principais entre os fundos dizem respeito ao financiamento, ao percentual da receita de impostos a serem vinculados para a educação básica e à quantidade de impostos vinculados.