Enquanto a multimodalidade precisa de um operador de transporte multimodal que será responsável pelo transporte da origem ao destino final, a intermodalidade não precisa deste operador.

O custo de transporte multimodal é sempre muito maior do que o transporte intermodal.

Enquanto a multimodalidade diz respeito à integração entre vários modos, a intermodalidade se refere à relação dos operadores dentro do mesmo modo de transporte.

Enquanto na intermodalidade existe o documento CTCM (Conhecimento de Transporte de Carga Multimodal), na multimodalidade este documento não é exigido.

Enquanto a multimodalidade é o transporte de mercadorias por vários modos de transporte, a intermodalidade garante o transporte apenas por dois modos.