Após o sequenciamento parcial ou total de um genoma, deve-se proceder à sua análise filogenética. Sequências de nucleotídeos são alinhadas e comparadas para se construir árvores filogenéticas de UPGMA que revelam o relacionamento evolutivo, identidade, similaridades e divergências genéticas, sendo possível, inclusive, identificar raças e formae speciales de fitopatógenos.