Analisando-se o resultado do padrão do FAN em célula HEp-2, deve-se considerar a experiência/expertise do observador e a reprodutibilidade do conjunto diagnóstico em uso.

Pode haver a presença de autoanticorpos transitórios desencadeada por infecções, neoplasias e medicamentos.

O surgimento de autoanticorpos pode preceder em anos o surgimento de uma doença autoimune.

Todos os autoanticorpos têm relação causal com alguma doença autoimune.