Os didesoxinucleotídeos são ineficazes para a técnicas de Sanger, sendo utilizados somente os primers e diversas fitas de DNA réplicas da mesma fita molde, com a mesma extremidade 5'.

A técnica de Sanger, utiliza terminadores de sequência em réplicas de DNA de uma fita molde diferenciada.

Os didesoxinucleotídeos são similares aos primers ou iniciadores, já que iniciam a reação em diferentes terminações 3'.

São utilizados iniciadores (primers), fitas de DNA réplicas da mesma fita molde, ou seja, com a mesma extremidade 5' e diferentes terminações 3', devido à inserção dos didesoxinucleotídeos, que são nucleotídeos terminadores de cadeia (ddNTP: ddATP, ddTTP, ddCTP e ddGTP).