O híbrido PNA-PNA tem a Tm mais alta entre todos os híbridos porque seu esqueleto de N-(2-aminoetil)-glicinas o torna mais solúvel em meio aquoso.

Os híbridos que contêm PNA têm as Tm mais altas devido à redução da repulsão eletrostática entre seus esqueletos, já que o esqueleto de N-(2-aminoetil)-glicinas não possui as cargas negativas características do esqueleto de pentoses-fosfato.

O híbrido PNA-ADN tem Tm maior que a do híbrido ADN-ADN, porque a estabilidade do híbrido PNA-ADN é menor em baixas forças iônicas.

Não é possível utilizar PNA para a hibridação in situ com ARN porque a Tm do híbrido PNA-ARN é alta demais para este tipo de experimento.

Sondas de PNA são utilizadas na hibridação in situ fluorescente (FISH) para detectar telômeros em cromossomos humanos porque as sondas de ADN para telômeros têm a Tm demasiado baixa.