Ambos utilizam os ddNTPs que são os nucleotídeos sem a hidroxila livre no açúcar e o resultado obtido através de eletroforese em gel de poliacrilamida.

O manual utiliza nucleotídeos do tipo dNTP e a corrida eletroforetica em gel de poliacrilamida para observação dos resultados.

O automatizado equipamento faz todo o procedimento sozinho, lendo os nucleotídeos de DNA através da DNA polimerase.

O automatizado utiliza ddNTPs marcados fluorescentemente, cada nucleotídeo com uma cor, que é lido após corrida eletroforetica em capilar e detecção da fluorescência pelo equipamento após excitação com laser.

O manual todos os ddNTPs vão no mesmo tubo de reação pois a eletroforese separa todos eles permitindo distinguir uns dos outros.