O Conselho Fiscal é órgão permanente da EBSERH e compõe-se de três membros efetivos e respectivos suplentes, nomeados pelo Ministro de Estado da Educação.

Um membro do Conselho Fiscal será indicado pelo Ministro de Estado da Saúde e dois membros serão indicados pelo Ministro de Estado da Educação.

O mandato dos membros do Conselho Fiscal será de dois anos contados a partir da data de publicação do ato de nomeação, sendo vedada a recondução.

Os membros do Conselho Fiscal sempre farão jus a honorários mensais.

Compete ao Conselho Fiscal da EBSERH acompanhar e avaliar periodicamente o desempenho da EBSERH.