As infecções primárias são caracterizadas por uma comunidade de bactérias aeróbicas, pois são provenientes da cárie.

Aproximadamente 5% a 10% da microbiota nas infecções primárias é composta de espécies ainda não cultivadas.

Demonstra-se que o tamanho da lesão da periodontite apical é proporcional ao número de espécies bacterianas e células no canal radicular.

Algumas bactérias encontradas na infecção primária, como as Fusobacterium, Porphiromonas e Prevotella, são gram-positivas.