A autonomia também se dá nos assuntos financeiros. Cabe à própria Universidade administrar os recursos destinados a ela.

O governo não pode determinar quem será o Reitor sem a escolha da comunidade universitária.

As universidades federais podem ter autonomia administrativa.

Autonomia significa que a universidade pode criar próprias regras, inclusive podendo ir contrariamente ao que determina a LDB.