O projeto racional vai além para identificar os fatores limitantes de cada operação da unidade; busca verificar a forma mais eficiente, com redução de custos, e minimizando impactos ambientais.

Uma abordagem qualidade por design para o design racional de medicamentos tem sido usada apenas para simplificar o processo.

O aumento de escala não tem sido um problema para a indústria farmacêutica, visto que são observadas poucas diferenças nos parâmetros.

A produção de moléculas menores tem sido mais difícil do que produzir moléculas mais complexas.

Os requisitos regulamentares relacionados à qualidade por design na indústria farmacêutica estão preocupados apenas com a qualidade final do produto.