É mantida com recursos do orçamento da União e de arrecadação própria, subordinando-se ao Ministério da Saúde e às instâncias decisórias do Sistema Único de Saúde por meio de um contrato de gestão, que estabelece o plano anual de metas.

É coordenada pela Secretaria Nacional de Vigilância Sanitária.

A Agência, respeitando-se a legislação em vigor, regulamenta, controla e fiscaliza os produtos que envolvam risco à saúde pública.

A ANVISA tem como competência, garantir o controle sanitário de Portos, Aeroportos e Fronteiras.