Controle Institucional é exercido por órgãos que têm a competência legal para fiscalizar a aplicação dos recursos públicos.

Os principais órgãos que fiscalizam a aplicação dos recursos públicos são o Ministério da Justiça, o Tribunal de Contas da União - TCU e a Secretaria de Orçamento Federal – SOF.

A forma de controle exercida pela Administração Pública e por organizações privadas é chamada de Controle Institucional.

O Tribunal de Contas da União, a Controladoria-Geral da União, os Ministérios Públicos Estaduais e Federal são alguns dos órgãos responsáveis pela fiscalização dos recursos públicos.