Não há problema na situação descrita, afinal é uma prática bastante comum.

Você agiu corretamente, pois precisa de emprego e aceitou de imediato a proposta da empresa.

Por ter aceitado a proposta da empresa, você renunciou aos seus direitos e não poderá, nunca mais, reivindica-los em relação ao salário pago “por fora”.

A empresa feriu o princípio da irrenunciabilidade de direitos trabalhistas e você poderá reivindicar seus direitos.

Você e a empresa feriram o princípio da irrenunciabilidade de direitos trabalhistas, podendo ambos serem penalizados pelo acordo feito.