A definição das faces da pilha de vesículas que compõem o complexo nem sempre é fácil de ser determinada. Habitualmente, na face TRANS (de maturação ou saída), da pilha de cisternas, possuem conteúdo de maior densidade ao microscópio eletrônico, e são mais fragmentados, podendo evidenciar a formação de grandes vesículas de secreção. Já sua face CIS (de formação ou entrada), ou convexa, apresenta associação com o: