As deficiências nutricionais decorrentes da má absorção de macro e micronutrientes, por exemplo, deficiência de ferro, de ácido fólico, de vitamina B12 e de cálcio, são raras e corrigidas rapidamente com a exclusão do glúten da dieta.

O tratamento da DC consiste em dieta sem glúten, devendo-se, portanto, excluir da alimentação todos os alimentos que contenham trigo, centeio, cevada e aveia, por toda a vida.

Deve-se verificar a intolerância à lactose e à sacarose, ocasionadas pela deficiência na produção das dissacaridases, irreversíveis mesmo após a normalização das vilosidades.

A dieta imposta na crise celíaca é restritiva, mas temporária, devendo haver a inclusão gradativa do glúten à dieta com a remissão das manifestações clínicas.

O quadro de hipersensibilidade alimentar, que resulta em manifestações alérgicas, deve ser considerado quando o indivíduo responde adequadamente à dieta sem glúten e não apresenta negatividade nos exames sorológicos para DC.