Os fungos são os principais patógenos em casa de vegetação, não necessitando de controle.

Pragas como pulgões e cochonilhas não afetam o crescimento das plantas.

O controle biológico é a única forma eficaz de manejo em casa de vegetação.

Os insetos alados como mosca branca, membracídeos e cigarrinhas, costumam ser os mais comuns em casa de vegetação e são responsáveis pela transmissão de vírus associados a leguminosas, cucurbitáceas e solanáceas, requerendo controle com agroquímicos.

As plantas invasoras não têm impacto significativo na produção em casa de vegetação.