Para os medicamentos da biodiversidade, a relação fundamental entre gens, espécies e ecossistemas não é relevante uma vez que, no caso das plantas, as substâncias farmacologicamente ativas (princípios ativos) não são influenciadas pelo microclima, fatores nutricionais entre outros (ecossistema).

Entre os medicamentos da biodiversidade não podemos incluir os antibióticos quando derivados de fungos.

A Penicilina (Penicillium) originária de um fungo e o Captopril (Bothrops jararaca) originário de animal não podem ser considerados medicamentos da biodiversidade, pois não são de origem vegetal.

Definimos como medicamentos da biodiversidade aqueles que se originam da totalidade dos genes, espécies e ecossistemas de uma região, incluindo espécies e ecossistemas de uma região.