As bactérias pertencentes ao grupo coliforme são os primeiros microrganismos a atuar na massa ensilada.

Os coliformes são substituídos por outras bactérias, como Leuconostoc e Streptococcus, que por sua vez, são controladas por Lactobacillus e Pediococcus.

A flora butírica, que causa putrefação e decomposição dos ácidos graxos resultando em CO2, amônia e compostos nitrogenados, não sobrevive ao pH baixo.

As bactérias do gênero Clostridium são anaeróbias, toleram altas temperaturas e sobrevivem em pH ácido.

Leveduras são microorganismos aeróbios que podem atuar após a abertura do silo, degradando os AGV´s produzidos durante a fermentação.