A coordenação das ações de prevenção e combate à tortura, no âmbito federal, é de responsabilidade do Conselho Nacional de Política Criminal e Penitenciária (CNPCP).

O Departamento Penitenciário Nacional (DEPEN) do Ministério da Justiça e Segurança Pública é o órgão executivo que acompanha e controla a aplicação da Lei de Execução Penal e das diretrizes da Política Penitenciária Nacional, elaboradas pelo Conselho Nacional de Política Criminal e Penitenciária (CNPCP).

O PROVITA, criado pela Lei nº. 9.807, de 1999, é programa responsável por proteger somente adolescentes que são vítimas de tortura.

A Coordenação Geral de Combate à Tortura e à Violência Institucional (CGCTVI) é órgão integrante do Departamento Penitenciário Nacional responsável pela execução de ações visando a criação de sistemas estaduais de prevenção e combate à tortura.

No Ministério da Justiça e Segurança Pública, funcionam o Comitê Nacional de Prevenção e Combate à Tortura, o Mecanismo Nacional de Prevenção e Combate à Tortura e a Coordenação Geral de Combate à Tortura e à Violência Institucional. O Comitê Nacional de Prevenção e Combate à Tortura, o Mecanismo Nacional de Prevenção e Combate à Tortura e a Coordenação Geral de Combate à Tortura e à Violência Institucional funcionam no Ministério da Mulher, da Família e dos Direitos Humanos (MMFDH).