O profissional deve lavar os itens contaminados durante o processo com água corrente e depois deixar no banho-maria a 20ºC por 10 minutos.

O profissional da biomedicina deve utilizar equipamentos de proteção individual e ter o cuidado de autoclavar os materiais descartáveis antes de descartá-los.

Os itens que puderem ser reutilizados devem ser desinfetados com álcool a 70º antes de serem utilizados novamente.

O profissional em laboratório deve possuir apenas os cuidados básicos, uma vez que os oocistos do parasito são facilmente destruídos com cloro e formaldeído.

O profissional não precisa se preocupar, pois apesar de os oocistos de Cryptosporidium spp. contaminarem uma superfície, só sobrevivem poucos minutos nela.