Todos os ecossistemas são terrestres, não existindo ecossistemas aquáticos.

Os recifes de coral são ecossistemas compostos de componente bióticos, como superorganismos animal-planta, e abióticos, como água marinha.

Lagoas são ecossistemas caracterizados por águas agitadas, com grande variação de temperatura e incidência luminosa, apresentando maior biodiversidade do que rios e riachos, que apresentam águas paradas.