Com a multidisciplinaridade, pois é justamente em relação a essa abordagem que o pensamento complexo vem oferecendo sua maior contribuição: criar conexões entre as várias disciplinas, apenas alinhadas lado a lado.

Com a interdisciplinaridade, pois este tem sido o maior alvo das críticas dos teóricos da complexidade, que identificaram equívocos no modo como tradicionalmente as "pontes" entre as disciplinas são demonstradas na universidade e na vida prática.

A interdisciplinaridade oferece ao pensamento complexo todas as pistas necessárias para a crítica da multidisciplinaridade e da transdisciplinaridade; a primeira, porque não constrói vínculos suficientemente sólidos entre as disciplinas; a segunda, porque fracassou em sua pretensão de construir uma "lógica do terceiro incluído".

A transdisciplinaridade está na base do projeto epistemológico do pensamento complexo, pois a construção de novos saberes depende em grande parte de se ir "além" do projeto da interdisciplinaridade na medida em que já não haveria limites entre uma "disciplina" e outra.

Com a transdisciplinaridade, porque é a partir dela, ou seja, da interconexão entre as várias disciplinas, que o pensamento complexo passou a fundamentar seus postulados.