Na pneumonia por hipersensibilidade, encontram-se granulomas periféricos bem formados, delimitados por fibrose, necrosantes.

O achado morfológico que permite a diferenciação entre a micobacteriose e a granulomatose com poliangeíte é o padrão da necrose, caseificante na micobacteriose e isquêmica na granulomatose com poliangeíte.

A coloração pelo método de metenamina de prata de Grocott-Gomori não é específica para a identificação de fungos, uma vez que apresenta afinidade tintorial para tecido elástico, mucina e partículas de poeira, podendo levar a um diagnóstico falso-positivo para estruturas fúngicas.

A coloração de rotina pela hematoxilina-eosina não permite a inferência da presença de fungos na amostra.

A ausência de identificação de fungos e de micobactérias em um contexto de granulomas epitelioides permite o diagnóstico de sarcoidose.