O estabelecimento de um modelo de evolução é fundamental para todos os métodos de busca de árvore, exceto na análise bayesiana.

A taxa de substituição (μ) é a frequência em que as bases podem ser retiradas sobre um pool de possibilidades.

Distância evolutiva, para dados de sequência de DNA, é o número médio de substituições que ocorrem em cada posição dos nucleotídeos.

Neighbor-joining é um método que permite calcular a diferença entre as duas árvores.

A máxima verossimilhança busca a melhor árvore calculando a probabilidade da árvore verdadeira sobre todas as possibilidades.