Pode ser efetuada por meio de análise por sequenciamento direto para determinação da presença de mutações em genes de resistência a drogas.

Pode ser efetuada pelo perfil de hibridação com sondas para o IS6110.

Pode ser efetuada pelo perfil de hibridação de DNA amplificados com oligonucleotídeos para espaçadores não repetitivos para avaliar o polimorfismo do locus DR.

Pode ser efetuada pelo método do MTT para quantificação da atividade de citocromos oxidases.

Pode ser empregada a técnica designada de “espoligotipagem" referente a oligotipagem de espaçadores.