Um componente forte na prática agroecológica é a equidade de gênero, com reconhecimento do papel relevante que as mulheres têm exercido na expansão do movimento. Porém, a agroecologia deve ser prioritariamente dominada por homens, e eis grande desafio.

Uma desvantagem da produção de orgânicos são a complexidade e alto custo da certificação por auditoria, que desmotiva cada vez, mais produtores a entrarem nesse mercado, isso proporcionou um considerável aumento da produção de orgânicos no mundo nos últimos anos.

Um dos princípios básicos da agroecologia e que também é seu maior desafio, está em diversificar as atividades econômicas da propriedade e sua integração, caracterizado pelo uso de insumos internos em detrimento dos externos.

A Agroecologia traz um fator importante na vida social, que é a inserção da mulher nos sistemas agroecológicos, principalmente nas hortas, pomares etc., preocupando-se com a qualidade dos alimentos ingeridos pela família, que é de responsabilidade exclusivamente feminina e consiste, por isso, no maior desafio.

manejo fitossanitário deve integrar práticas mecânicas e biológicas no controle de pragas e doenças, devendo-se optar por adubação orgânica e de produtos minerais pouco solúveis, como é caso do fosfato de rocha, calcário etc. Porém, a sociedade é contra uso de adubação, que representa um grande desafio.