A detecção viral depende de testes moleculares como o PCR multiplex, que amplifica vários RNA virais ao mesmo tempo, não sendo utilizado para amplificação de DNA viral.

O PCR quantitativo pode ser utilizado para detecção de vírus como o HIV, o influenza, o parainfluenza, o rhinovírus, o vírus sincicial respiratório, o adenovírus, o coronavírus e a genotipagem viral para identificar mutações virais responsáveis por fornecer resistência à terapia farmacológica.

Os vírus são sequenciamentos pelo método NGS para sua correta detecção na amostra de pacientes com suspeita de doenças respiratórias causadas pelo vírus influenza, parainfluenza, coronavírus, dentre outros.

A detecção do DNA viral pode ser realizada através do sequenciamento genético, sendo que o RNA viral não pode ser determinado nas amostras biológicas.