O controle da execução dos programas e da observância das normas que governam a atividade específica do órgão controlado é realizado pela chefia competente.

O controle de cada unidade federativa será executado por meio da ferramenta gerencial Balanced Scorecard (BSC) específica para a avaliação do desempenho individual de cada servidor público, independentemente dos resultados institucionais.

O controle da observância das normas gerais que regulam o exercício das atividades auxiliares é exercido pelos órgãos próprios de cada sistema.

O controle da aplicação dos dinheiros públicos e da guarda dos bens da União é realizado pelos órgãos próprios do sistema de contabilidade e auditoria.