A estrutura da Rede de Frio organiza-se em três instâncias, com fluxos de armazenamento e distribuição, sendo elas: Federal, Nacional e Municipal.

A Instância Federal, nas unidades federadas, incorpora as Centrais Federais de Rede de Frio (CFRFs), subordinadas às Secretarias Federais de Saúde, ocupando posição estratégica para distribuição.

A Instância Estadual organiza-se em 47 centrais estaduais de armazenamento e distribuição de imunobiológicos, geralmente localizadas nas regionais de saúde das unidades federadas do Brasil e sob responsabilidade técnico-administrativa das Coordenações Estaduais de Imunizações e das Secretarias Municipais de Saúde.

Na Instância Estadual, as Centrais de Rede de Frio realizam armazenamento e distribuição, com câmaras frias positivas (+2 \, ^ ext{°C} \; a \; +8 \, ^ ext{°C}) e negativas (-25 \, ^ ext{°C} \; a \; -15 \, ^ ext{°C}), a depender da demanda.

É a Instância Estadual que ocupa posição estratégica na Rede de Frio, uma vez que concretiza a Política Nacional de Imunizações por meio da administração de imunobiológicos de forma segura na atenção básica ou assistência, estando em contato direto com o usuário final da cadeia de frio.