O locus ceruleus é um núcleo da formação reticular. Situa-se no assoalho do IV ventrículo, apresentando células ricas em noradrenalina.

A formação reticular tem função relevante no controle da atividade elétrica cortical (sono e vigília), mas não apresenta controle eferente da sensibilidade.

Os neurônios serotoninérgicos do tronco encefálico localizam-se nos núcleos da rafe.

Os núcleos habenulares, mamilares e anteriores do tálamo são componentes subcorticais do sistema límbico.

Os flóculos e o nódulo pertencem ao arquicerebelo, o qual tem conexão com os núcleos vestibulares (equilíbrio).