Por muito tempo, foi determinado o uso da Salmonella como indicador de contaminação por agentes presentes em fezes.

Qualquer gênero de microrganismo pode ser utilizado como indicador, independente dos métodos de detecção.

Os microrganismos indicadores são grupos ou espécies de microrganismos que, ao serem identificados no alimento ou na água, fornecem informações sobre a contaminação de origem fecal e a causa de deterioração do alimento.

Não há critérios para definir o grupo ou a espécie do microrganismo indicador de contaminação do alimento.

A utilização das enterobactérias para a análise microbiológica do alimento não gera problemas, principalmente nas análises de vegetais.